Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemiyle birlikte, FETÖ ve PKK başta olmak üzere terör örgütleriyle mücadele de daha etkin önlemler alınacak. FETÖ ile mücadele çalışmalarının tek çatı altında toplanması bekleniyor. Bu sayesinde hata payı azaltılacak, kurumlar arasındaki iletişim daha sağlıklı ve verimli olacak. Dolayısıyla, mücadele verimli hale gelecek. FETÖ ile ilgili 300'e yakın kriter üzerinden, FETÖ'cülerin tespitinde Bank Asya hesabı, ByLock kullanıcısı olup olmadığı, ankesörlü hat üzerinden görüşmeler, FETÖ'nün eğitim kurumlarıyla bağlantılar gibi çok sayıda unsura bakılıyor. Son OHAL kararnamesi ile seçim sürecinde bekletilen ihraç listesinin de yayınlanması bekleniyor. TSK'da adı ankesörlü telefon soruşturmasında geçen ve ihracı düşünülen 5 bin civarı personel olduğu en çok bahsedilen konu oldu. Kulislerde, TSK'daki ihraçlar konusunda, ikili veya üçlü kararnameyle ihraç modeli üzerinde durulduğu konuşuluyor. Söz konusu model, ilgili mekanizmaların en üst düzey sorumluları ve cumhurbaşkanının imzaladığı kararnamelerle ihraçların gerçekleştirilmesini öngörüyor. Kara, Hava ve Deniz Kuvvetleri'nde kurulan Yüksek Disiplin Kurulu yoluyla ihraç modeli ise yargı yolu açık olduğu için tercih edilmiyor.